Utfordringene stod i kø, og de prøvde først å kjøpe et gammelt hus i Skibakkveien. Dette prosjektet strandet raskt grunnet offentlige krav, blant annet til parkeringsmuligheter. Da Oslo Kommune skulle selge unna noen
«erstatningstomter» i nærmiljøet oppstod ideen om å bygge en barnehage. Noen foreldres pågåenhet ovenfor kommunen avslørte at salget av disse tomtene ikke foregikk på redelig vis. Den såkalte «Tomteskandalen» ble rullet opp, for det viste seg at kommunen hadde utro tjenere. Avsløringen førte til at foreldregruppen fikk tillatelse til å overta to av de aktuelle tomtene.
Arkitekt Henriette Salvesen fikk oppdraget med å tegne barnehagen. Etter to års arbeid med mange involverte ble barnehagen godkjent for bruk våren 1991.

Det første kullet startet i august 1991, og foreldregruppen fikk personalansvar for 9 ansatte og 36 barn.
De valgte å organisere seg i et andelslag for å dekke de løpende utgiftene i starten. Det ble besluttet at andelen skulle koste 5000 kroner og det er depositumet per dags dato.

I august 2013 ble det gjennomført en driftsendring av Havnabakken Barnehage. Familiebarnehagen ble lagt ned, og den ble erstattet av en småbarnsavdeling i Havnabakken Barnehage. Driften ble endret fra to avdelinger med 15 barn i alderen 2-6 år, til å ha to avdelinger med en småbarnsavdeling med 12 barn og en storbarnsavdeling med 25 barn.

Så langt i historien har Havnabakken barnehage vært et godt sted å være med trivsel, glede, humor og læring for barn og voksne.